对待经学，朱由检非常慎重。
即使他想用新学问取代理学，仍旧表示要继承二程、朱熹的注释，在其基础上点校修缮。
避免学习四书五经的士子无法适应，科举考试产生混乱。
但是对于史学，他就毫无顾忌了。
把宋儒开创的义理史学全部掀翻，直接抛在一边。
这种激烈的态度，让群臣很不适应。
刘宗周道：
“五代之后，人心丧乱。”
“宋儒以理阐史、以史证理，使理义大本复明于世，焉能称为错焉？”
“陛下所学《资治通鉴，便是宋儒司马光编撰。”
指明义理史学的意义和《资治通鉴的重要性，这在大明是显学。
不但民间学习，就连皇帝的教材，也有《资治通鉴。
朱由检此前多次被群臣建议学习通鉴，甚至还不得不听了几课，对此当然知道。
不过他对这部书并不怎么感冒，说道：
“义理史学，自然有其意义，但是已不适合当前这个时代。”
“你们可有人记得，朱子是怎么评价《资治通鉴？”
朱熹评价司马光和《通鉴的话语很多，其中有褒有贬。
但是皇帝这样询问，显然不是善意，钱谦益揣摩皇帝心意，说道：
“朱子曾说：温公《通鉴，凡涉智数险诈底事，往往不载，却不见得当时风俗。”
“如陈平说高祖间楚事，又如亚夫得剧孟事，《通鉴皆不载，是不知当时风俗事势也！”
“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？”
这是对《通鉴的批评，很符合朱由检的意图，让他龙颜大悦。
其他臣子见此，自然也知道了怎么说，纷纷开始出言。陈继儒道：
“朱子又曰：温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴此类多矣。”
“其编撰《通鉴时以义理为先，谓为‘新义胜旧义，新理胜旧理’。”
“只要‘史有记录之害义者’，那就‘不可不正’。”
“名为记述历史，其实在讲经义。”
朱由检颔首认可，又向倪元璐道：
“这种先定义理，再剪裁史料的做法，是否符合倪卿所说的‘不直书而加论断’呢？”
“《三朝要典，是不是义理史学？”
倪元璐闻言两眼睁得大大的，不敢相信皇帝竟然这么说——
把自己评价《三朝要典的话，用于评价《资治通鉴。
他很是忿怒地说道：
“那能一样吗？”
“温公是为了阐述义理，逆竖是为掩盖其非，所述全是歪理。”
怒喷皇帝一通，请他收回这句话。
朱由检见他如此破防，心中毫无愤怒，反而有哑然失笑之感。若非是在经筵上，只怕会大声笑出来。
心中不认可这种双标的话语，朱由检面对群臣，却不得不耐着性子道：
“无论义理还是歪理，都称得上道理。”
“义理史学可以剪裁史料，歪理史学为何不可以？”
“所以朕说，宋儒开创的义理史学，已经不适合这个时代。”
“《三朝要典，是义理史学的巅峰，它已经走入了邪路，不可不引以为戒。”
这种把《三朝要典当成义理史学的说法，群臣都觉得难以接受，倪元璐大声说道：